经尿道输尿管软镜碎石术与输尿管硬镜类似，但它可以到达输尿管硬镜不能到达的输尿管上段、肾盂和肾盏。主要适用于体外冲击波碎石无效的输尿管上段和肾结石，直径通常小于2厘米。

经尿道输尿管软镜碎石术，避免了经皮肾镜碎石术大出血的风险，能有效的处理肾和输尿管上段的结石，但效率比经皮肾镜碎石术低，仅能处理体积较小的结石。